בהכשרה בשיטת איינגאר יוגה המורים עוברים תהליך מקיף, ממושך וקפדני ביותר. תהליך ההסמכה משמר את מצוינות השיטה ורמת ההוראה, והוא מתקיים לפי קריטריונים ברורים ואחידים שנקבעו על ידי ב.ק.ס איינגאר. ייחודו של התהליך הוא בהסמכה האחידה שעוברים המורים ברחבי העולם – הסמכה העוקבת אחר העקרונות שהניח ב.ק.ס איינגאר, והיא נשמרת בקפדנות על ידי המורים הבכירים ומשפחת איינגאר עצמה במרכז האם בפונה.  סף קבלה ראשוני לתחילת חניכה להוראה הוא תרגול יוגה בשיטת איינגאר ברצינות ובהתמדה, אצל מורה מוסמך, במשך שלוש שנים לפחות. ב.ק.ס איינגאר כתב למורי השיטה כי "מורים שמלמדים בלי לתרגל אינם ערכיים" – השיטה שמה דגש על מחויבות עמוקה לתרגול, הבנה וחוויה עצמית כמפתח להעברת הידע הלאה. תהליך החניכה אורך לפחות שלוש שנים. במרכזו עומד התרגול האישי של כל מורה, ונלמדים בצורה מעמיקה ומקיפה עקרונות לתרגול אופטימלי עבור תלמידים בבריאות כללית טובה, אמנות ההוראה, שימוש באביזרי עזר בהוראה, אנטומיה, פיזיולוגיה, והפילוסופיה של היוגה. לאחר מכן על החניכים לעמוד בבחינות ההסמכה להוראה התואמות לתו-תקן בינלאומי המפוקח על ידי מוסד האם ומשפחת איינגאר. הבחינות בארץ נערכות על ידי עמותת איינגאר יוגה בישראל וצוות הבוחנים מורכב ממורים בכירים, חיצוניים לתהליך ההכשרה שעברו החניכים. קיימות חמש רמות הסמכה כשלכל רמה קיים סילבוס מפורט ורמת דרישות עולה, הן בידע המעשי והן בתיאורטי. לאחר עמידה בכל התנאים והדרישות, אלו שעברו את הבחינה מקבלים תעודת הסמכה רשמית להוראת איינגאר יוגה מטעם מוסד האם של השיטה – RIMYI, Puna. השם "איינגאר יוגה" הוא סימן מסחרי-רשום ורק אלו שהוסמכו לכך רשאים להשתמש בו וללמד בשיטה, וזאת על מנת לשמור על הרמה הגבוהה של ההוראה והיושרה המקצועית של השיטה. תהליך ההכשרה הארוך והמפורט נועד להבטיח כי מורי איינגאר יוגה יהיו מוכשרים, מסורים, בעלי ידע ומיומנות גבוהים, ויוכלו ללמד בצורה בטוחה ומקצועית כדי לשמור על בריאות המתרגלים.ות ולאפשר חוויות תרגול טובות ומיטיבות.